尽管分层方案的最终落地成为众望所归，但多数人普遍认为，分层制度的出现也有可能令市场出现明显的两极分化。华龙证券分析认为，新三板分层后，基础层与创新层的企业将呈现“冰火两重天”的态势，分层后基础层企业的定向增发将变得困难，市场会进一步分化，产生马太效应，优秀的企业则可能在融资方面更为顺利。

　另一方面，分层后创新层对市场资金的吸引力会增强。业内人士分析，对于投资机构而言，创新层企业的投资价值和溢价空间更大，原有分散在各市场的存量资金会集中到不到10%比例的创新层，这也将意味着创新层的估值以及流动性有望在第一时间得到改善，甚至吸引大量场外资金的进场。

　从分层制度的影响上看，是否能够改善当前市场流动性，各方观点的争辩也颇为激励。一部分机构认为，分层的到来能够改善此前市场的流动性困局，尤其是创新层企业在严格监管和制度红利同时推进的情况下，其流动性将会大大改善。联讯证券认为，新三板分层后，有可能从三个方面解决流动性不足问题：增加合格机构投资者，引导公募基金投资新三板；完善做市商制度，在风险可控的范围内，如可以适当放开做市资金杠杆，将对市场产生积极影响；制定退市制度和限制挂牌制度将有助于缓解资金压力。

　另有某新三板公司人士称，分层制度的出台只是提供一个企业的筛选标准，对其市场的影响力不可有过高预期，如果没有后续投资者门槛等制度改革的措施出台，明显的改善整体市场流动性实际上是无法实现的，“两年多的市场运行，其实投资者已经用手中的资金给市场自动做了分层，交易活跃的股票就是市场看好的股票，就是投资者认为优秀的，而相应交易低迷的则少有人看好，再度划分标准的影响有限。”