目前，QFII按照10%预提资本利得，但这一笔资金只是在账面预提，至今并没有正式兑付。同RQFII、QFII类似，在是否缴纳和如何缴纳资本利得税的问题上，沪港通没有明确。许多海外机构投资者会在基金资产中将盈利的10%做出拨备以防止可能出现的风险。分析人士指出，从某种角度说，此次沪港通的推出也将为一直以来QFII没有定论的税收问题廓清边界。

　李小加表示，在沪港通全网测试时，资本利得税并未包括在内，主要是因为“不知道该怎么收”。他举例称，投资者的持股可能是分批以不同价格购买的，卖的时候又是分批卖出，投资收益如何计算需要进一步明确。

　李小加指出，目前海外投资者投资沪股通的资本利得税征收问题，一共有四种可能性：不征收资本利得税；沪港通推出之初暂不征收，但待税务部门明确相关问题后追溯以往交易；暂不征收，未来征收时不追溯过往交易；沪港通启动时就征收资本利得税。

　国泰君安首席经济学家林采宜对中国证券报记者表示，沪港通税收制度一是要和港交所进行协调，沪港要统一；二是要和内地市场，和其他没有开通沪港通的股票和市场政策上实现沿袭，因此最终确定确实存在挑战。武汉科技大学金融证券研究所所长董登新也认为，香港的税制与内地有一定差异，两地不同的税制在协调方面有一定的困难。主要是面对个人投资者和机构投资者不同的投资主体在税制上如何衔接，还有待进一步完善。

　有税务人士指出，一直以来资本市场征税存在一些重复计征和征收空白。目前内地资本市场税收制度仍存完善空间。例如，尽管对股息红利规定收取所得税，但对卖出股票赚取的差价及资本利得，目前内地并未规定交税。此外，投资者从上市公司获得的现金分红来源于企业税后利润，因此再次缴交所得税也存在重复征收问题。而根据香港相关规定，股票在交易环节征收税率为0.1%的股票印花税和定额5港元的转手纸印花税。公司和法人在港交所买卖上市股票和其他上市证券获得的利润需按16.5%税率缴纳利得税。