根据2017年年底发布的《关于挂牌公司股份回购业务通知》（简称《通知》），两种情况的公司可以办理股票回购注销业务：一是业绩对赌未完成的回购，发行股票购买资产（包括构成重大资产重组情形）后，标的资产未完成业绩承诺，挂牌公司根据股份认购协议回购交易对手方所持股份进行注销；二是回购激励对象的股份，向激励对象发行股票后，因发生激励对象离职、考核未达标等特定情形，挂牌公司根据股份认购协议回购激励对象所持股份进行注销。

　　《通知》明确，挂牌公司采用要约回购、二级市场回购方式回购股份或者回购股份用于股权激励的，另行规定；并强调挂牌公司不得使用公司普通证券账户回购公司股票。

　　南山投资创始合伙人周运南指出，限制新三板公司通过二级市场回购股份用于注销或进行股权激励，主要还是担心公司实控人利用信息不对称可能损害其他投资者的合法权益。“监管层可能担心，回购的股票多数来自于特定对象，通过回购让特定对象取得资金全身而退。由于回购的资金来源于公司，这将影响其他中小股东的合法权益。”

　　周运南表示，股份回购是否存在掏空公司或者转移资金嫌疑，主要取决于交易价格高低、交易方式是否为盘后协议、交易数量和交易对象等。目前新三板施行的是不连续竞价交易，很难确保交易的公平，难以完全避免钻政策漏洞的行为。

　　全国股转公司发言人此前表示，市场对用于股权激励的回购、二级市场回购等需求比较强烈。新三板交易制度改革后，原协议转让方式优化调整为竞价转让方式，市场价格发现功能持续改善，交易秩序明显规范，为制定股份回购规则创造了条件。全国股转公司在梳理总结前期工作实践的基础上，正会同有关部门研究制定相关业务指南，优化业务流程，待成熟后向市场公布。

　　周运南建议，就当前交易方式下出台相关准则，应该设置严格的前置条件。“须通过做市交易进行股份回购，不允许盘后协议转让。交易对象需是非特定交易对象；财务指标方面也应有所要求，包括净利润、现金流、每股收益、未分配利润等；资金来源方面，要求公司使用未分配利润而非自有资金。若未来新三板推出连续集合竞价，采取连续集合竞价转让方式的挂牌公司可以直接参照A股回购制度进行回购。”