对于新三板的分层制度，全国股转公司副总经理隋强此前表示，2017年将以市场分层为抓手，加大制度供给，为不同公司的不同发展阶段提供与其发展相适应的制度供给，使新三板既能包容早期创业企业，又能满足发展壮大的企业的需求。股转系统在2017年将以市场分层为基点，深化新三板差异化管理服务，妥善处理好标准化服务与个性化需求的问题。

　自2016年6月推出分层制度后，新三板目前有952家创新层公司。不过，相比基础层公司，创新层公司的估值并不占优势。

　随着调整分层日期临近，创新层的身份也有“贬值”的风险。洪三板董事合伙人曹水水表示，洪三板的测算数据显示，如果基础层企业保持2016年中报业绩增速，2017年5月份进行创新层名单调整时，粗略估算将有954家基础层企业符合创新层标准。这个数字比目前创新层企业数量还要多两家。2017年调整分层名单时，创新层公司将接近或突破2000家成为不少业内人士的共识。

　中科沃土董事长朱为绛认为，第一波创新层政策预计在上半年推出，主要包括董秘资格考试和发行制度（包括突破35人定增、挂牌同时进入创新层的制度等）。

　其中，定增突破35人限制被各方所关注。作为非上市公众公司，根据规定，新三板挂牌公司定向发行对象不得超过35名。而且，发行股票导致股东累计超过200人，以及股东人数超过200人的新三板挂牌公司定向增发，还需经过证监会批准。这使得新三板再融资审核时间过长、通过难度加大，由此加大了企业在资本市场的融资难度。