与之前沪港通开通类似，价差仍是不少机构关注的焦点。海通证券报告指出，从估值上来看，截至8月2日，恒生大型、恒生中型、恒生小型、深证主板、中小板、创业板的PE分别为11倍、13.2倍、27.3倍、31.8倍、57.1倍、72.6倍。从行业估值来看，整体估值法下港股的日常消费、金融行业估值比A股高，A股的工业、电信服务行业估值比港股高。

　国金证券报告指出，深港通推出后短期内对AH股溢价收窄以及带来的增量资金影响有限。回顾沪港通，沪股通推出至今，并没有看到AH股溢价出现明显收窄的情况，且沪股通的交易活跃度以及额度使用情况均未出现超预期的情况。短期带来的增量资金有限，对市场的推动作用也相对有限。而长期来看，深港通将促进资本市场的开放和推动人民币国际化的进程。

　上投摩根（香港）投资总监张淑婉表示，深港通的开通，会让内地投资者关注到港股中市值较低的公司，吸引更多资金南下，同时也有利于香港投资者投资A股。但深港通的开通对缩小AH股价差并没有太大帮助。

　与此同时，高盛分析师刘劲津亦表示，根据沪港通经验，深港通的推出不会导致内地和香港两地价差明显收窄，而估值仍是国际投资者投资深市股票时的决定性因素。沪股通投资者偏好估值低的中大型股，若深港通正式开通，预计南下香港资金或保持高位。

　从长期看，深港通的开通将进一步优化A股市场结构。平安证券分析师魏伟指出，深港通将进一步推动A股国际化进程。港股通对市场资金面的短期影响不大，它在A股国际化的进程中具有“排头兵”的性质。长期来看，深港通将会推动A股交易制度的改革。QFII/RQFII等在额度审批和资金自由流动方面的制度改革，对于A股未来加入MSCI较为有利。有助于缩小A股估值体系和投资风栺与国际市场的差异。当然，这些长期的影响需要较长的时间来演变。当前A股高估值、高换手、追逐热点等与国际市场相比凸显出来的特点差别仍会存在较长时间。