虽然取得了一系列成绩，但业界对华大基因的发展模式褒贬不一。有学术界的声音认为，华大只是基因的大加工厂，谈不上顶尖科研机构；部分实业人士则认为，华大还没有走出象牙塔，缺乏体系的商业运作经验。

　“有人说我们是四不像，但华大明白自己能做些什么。”尹烨认为，华大基因之所以能够成为今天全球第一的基因测序与分析中心，很大程度上依靠的就是特殊的体制和发展模式。“在成长方向和发展进度上，华大能做自己的主；而国外的基因研究机构很多是完全公立的，很难按照自身的思路和节奏发展。”

　华大在成立早年就确立了“顶天立地”的发展战略——“顶天”是指通过在国际核心期刊发表论文，建立声誉和科研能力；“立地”则是要把学术成果产业化，把战略眼光放在产业发展前沿，从大民生出发寻找大需求，从而带动大产业。在华大基因看来，只要牢牢掌控好基因资源和前沿技术，产业化才能水到渠成。

　早期的华大基因拒绝资本的进入，因为他们认为资本是逐利的，过早的引入资本势必会影响华大的自主科研方向。“抗击非典时期，华大基因无偿捐赠了30万人份检测试剂盒，市场价值几亿元，如果我们那时候引入了资本运作，相信此举很难成行。”尹烨表示，华大不同时期有不同的重点，前期不引入资本并不代表华大不懂得商业运作。

　华大基因对于自身的商业模式有一个通俗的“蛋炒饭理论”——“琢磨怎么能做好蛋炒饭、做好了自己吃，这个就是科学研究；做得好，几个朋友AA制，这叫科技合作；做好了，给不认识的人吃，这叫产业。”2007-2010年4年间，华大基因的收入每年以300%的速度增长，2009年收入超过4亿元，2010年突破10亿元。这一过程中，营收增长主要依靠的是科技合作。“15000个合作伙伴，每一家都可能是一桩生意。”尹烨介绍，通过与国内外机构间的合作，华大基因在获取基因资源、掌握专利技术的同时，也不断找到各类商机，提升自身的商业运作能力。

　如今，华大已经进入“做好了给不认识的人吃”的产业化阶段。“华大会将部分业务分拆上市，今天的华大已经明白如何引导资本促进自身的成长。”尹烨介绍，华大基因已经在开展国内IPO准备工作，目前科技合作业务年收入规模已经超过10亿元，未来3到5年将做到几十亿元，此项业务有望首先上市；人类健康产业方面，广东省地区的无创产前基因检测开始刚刚不到一年，收入就已经过亿元，相关项目成熟后也将逐步上市。与此同时，华大基因还与中兴通讯、比亚迪、翰宇药业等共同发起“产学研资”联盟，成立了产业发展基金，发现和培育基因产业化项目。