福建自贸区则在对台交流方面具备优势。相对于台湾，福建拥有更加丰富的土地和劳动力资源，劳动密集型和部分科技密集型产业的转移会为台商带来更大的竞争力，而海西经济区对台湾高新技术产业、现代服务业等高端产业的引进，会极大推动自身基础设施建设、产业结构的优化升级。

　早在2009年5月，国务院就下发《关于支持福建省加快建设海峡西岸经济区的若干意见》，标志着海西建设从区域战略上升为国家战略，平潭则为海西“桥头堡”。平潭是我国大陆距离台湾岛最近的地方，对台交往密切，历史上就是东南沿海对台贸易和海上通商的中转站。根据平潭规划，平潭将实行“双币制”，即人民币与新台币可以同时在市场上流通。允许台资在平潭开设银行等金融机构，人民币和新台币可以自由兑换。

　东北证券认为，目前两岸之间的交流合作在《海峡两岸经济合作框架协议》下虽然较WTO层面下的多边经贸自由化更加容易，但仍然受到不少阻碍，而自贸区是单边自主方式推进的自由化，也是速度最快、层次最高的经贸自由化。此前存在障碍的两岸交流可在福建自贸区进行局部的先行先试，进而达到更深一步的交流。东北证券建议重点关注平潭发展、厦门国贸、建发股份和厦门空港。

　不过，兴业证券认为，目前厦门经济特区自由化程度不高，不利于与台湾自由经济示范区的竞争；但是，厦门的地缘优势却更有条件去利用台湾开放的政策。从承接台湾产业转移角度看，厦门要落后于昆山、重庆、成都等地，厦门对台区位优势是最好的，但对台工作做得却并不是最好的。下一步厦门如何发挥自身优势，成为关键。