我国区域经济发展中的突出问题主要表现为：缺乏有效的区域合作机制，使地区利益协调困难，基础建设重复布局，区域产业结构趋同，缺乏统一的区域市场体系，导致商品和生产要素区域之间难以自由流动和优化组合，区域比较优势难以体现，区域经济未能有效实现规模经济与集聚经济效应等。

　第一，区域竞争激烈，宏观调控面临新的挑战。为了缩小差距、实现区域协调发展和分享大国崛起的成果，后发地区的发展热情极大地增强，各地在强化“发展是第一要务”理念的基础上，全面实施追赶战略。这种如饥似渴的发展热情和现行地方财政体制相结合，使地区之间的竞争愈演愈烈。

　在这种情况下，中央政府既要适当抑制各地的盲目冲动和过度投资行为，又要努力保护地方发展的积极性，要在现有地方经济发展和竞争格局中使这两方面保持平衡，的确存在较大的难度。

　第二，区域政策差别化不够。目前我国区域政策制定的基本空间单元过大，在制定政策时，不少都是在重复或强调全国的普惠政策，真正有差别的政策种类少、力度小。

　比如，财政转移支付这样的关键性政策，往往都是定性描述，实际可操作的细则并不多，对于区域协调发展的作用有限。只有不同区域间实行差别化扶持政策，才能有效引导生产要素合理配置，促进城乡、区域和经济社会协调发展，充分体现各区域的特点与优势，但目前做得很不够。

　第三，中西部地区持续发展的机制尚未形成。中西部近几年发展速度虽然很快，但很大部分来自国家对交通、通讯、文化、科技、能源、矿业的投资拉动，还有中央大企业对中西部若干产业项目的投资拉动。真正意义上东部的民营企业、中小企业向中部、西部产业规模性转移还远远不够，中、西部可持续发展的内在机制尚未形成，还没有形成有别于东部发达地区的独特的发展路径。